生產企業辦理肥料登記的流程比較復雜，而且周期比較長，不僅自己需要實驗，而且在農業部專家審核也需要好幾個月。這也是產品自身特殊的需要，也體現了廣大農民朋友的認真負責。企業辦理肥料登記許可，一般需要經過以下程序：
辦理肥料登記證申請前需要準備的材料：
1、主體材料：國內企業需要在工商部門注冊，具有法人資格的公司;沒有禁止申請的情形(包括產業政策、知識產權等方面)。
2、申請書：包括《肥料產品登記清單》和《登記申請書》;
3、安全有效性材料：包括產品安全性資料、產品有效性資料和田間試驗報告;產品執行標準、產品樣品等;
4、產品基本信息：包括生產企業的基本資料，產品研發報告、肥料樣品、生產工藝資料。等等。(辦理的時候注意查詢,也可以根據下圖準備)
5、向省級農業廳提交申請。將上述材料準備好后，在省農業廳辦理窗口上報申請。省農業廳對材料和實體進行初審，符合規定的作出同意的意見，加蓋公章。
6、農業部行政大廳上報材料。省級初審通過后，申請人要將材料上報農業部行政審批大廳，大廳工作人員將對提交的材料進行復審。根據材料的情況分別作出受理、不予受理和補充材料的決定。
7、秘書處核驗樣品。在大廳審核材料的同時，申請人要將肥料樣品提交農業部肥料評審委員會秘書處核驗。在大廳材料審核通過，秘書處樣品核驗都通過的情況下，作出正式受理決定。
8、肥料評審委員會檢測。正式受理后，肥料評審委員秘書處將會組織專家，對肥料的安全性、有效性進行綜合的檢測。這段時間可能比較長，在九個月之內可以出具結論報告。
批準程序。肥料評審委員會作出測評報告，認定生產的肥料具有安全性和有效性，達到國家規定的標準時，將出具報告。農業部根據報告的內容和前期審查的材料，作出審批建議，報農業部審批。如果符合條件的，審核通過辦法肥料登記證。
網上辦理的情況。根據要求，可以將材料進行網上申報，對于資料、表格下載和相關受理、審批進度，可以登錄農業部網站查詢。
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