有機肥料是農業生產中的重要肥源，其養分全面，肥效均衡持久，既能改善土壤結構，培肥改土，促進土壤養分的釋放，又能供應、改善作物營養，具有化學肥料不可替代的優越性，對發展有機農業、綠色農業和無公害農業有著重要意義。但是有機肥料由于原料種類很多、性質差異較大，功能不一，因此在秋種時節施用有機肥料也要講究科學，切忌盲目施用。
一、有機肥所含養分較全面，但并不平衡，不能完全滿足各種作物對養分的不同需求。有機肥料所含養分種類較多，與養分單一的化肥相比是優點，但是它的養分含量低，也存在供應不平衡問題，不能滿足作物高產、優質、增收的需要。在施用有機肥時應根據作物對養分的要求配施化肥，做到平衡施肥，即使生產綠色食品的農田也要配施礦物肥料，并在作物生長期間根據實際情況噴施各種葉面肥，確保作物正常生長發育。
二、有機肥肥效遲緩。有機肥不僅總養分含量較低，而且肥效遲緩，在有機肥施用量不是很大的情況下，很難滿足農作物對營養元素的需要。因此，要利用化肥養分含量高，肥效迅速的優點，將有機肥與化肥配合施用，緩急相濟，取長補短，發揮混合優勢，滿足農作物生長發育過程中對各種營養元素在數量和時間上的需求。
三、有機肥需經過發酵處理。許多有機肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥料中含有不利于作物生長的有機化合物，所以均應經過堆漚發酵、加工處理后才能施用，生糞不能下地。
四、有機肥原料之間存在著組成、性質上的差異，從而施入土壤后，對土壤、作物的作用也存在差異。因此，應根據種植土壤的質地、氣候以及種植作物的生長習性、需肥特性，選擇合適的有機肥料進行合理施肥。例如：人糞尿中含有大量的氯離子，對忌氯作物應避免施用。
五、施用有機肥并不是越多越好。有機肥體積大，含養分低，需大量施用才能滿足作物的生長需求，但并不是越多越好。因為有機肥料與化學肥料一樣，在農業生產中也存在計量施用的問題。如果有機肥的用量太多，不僅是一種浪費，而且也可造成土壤障礙，影響作物生長發育。比如在保護地栽培中，若長期大量施用有機肥，也可導致土壤營養元素過剩，土壤鹽漬化，從而引起農產品生長不良，硝酸鹽含量超標，品質下降等問題。因此，生產中有機肥的施用量應根據土壤中各種養分及有機質的消耗情況合理使用，做到配方施肥、科學施肥。
六、有機肥施用方法要得當。有機肥應采用開溝條施或挖坑穴施，進行集中施肥，施后及時覆土；若采用撒施，施后應翻入土壤。一般將有機肥與化肥混合施用，效果更佳。如過磷酸鈣與有機肥拌施，能大大提高肥效。
七、腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，若與堿性肥料混合，會造成氨的揮發，降低有機肥肥效。
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