有機肥是無公害農產品生產的重要肥料，不但肥效全面、持效期長，而且能改善土壤的理化性質，增加有機質的含量。有機質的含量雖然只占耕層土壤總量的百分之零點幾至百分之幾，但它是土壤的核心成分，是土壤肥力的主要物質基礎。
無公害農產品對有機肥的施用有衛生標準要求。夏季高溫多雨，有機肥經過簡單處理就能達到這些標準，因此，夏季是有機肥無公害處理的較佳季節。
有機肥生產線無公害處理的標準：根據農業部無公害農產品標準中關于有機肥衛生標準的要求，有機肥要經過高溫堆積漚制，堆肥溫度較高要達到60-66℃，而且要持續6-7天，蛔蟲卵死亡率達到96%以上。有效控制蒼蠅孽生，肥堆周圍沒有活的蛆和新羽化的成蟲。
有機肥生產線無公害處理的方法：將作物秸稈、雜草及生活垃圾等鍘碎，把人畜糞和碎秸稈等按1：2的比例混合均勻，加適饅的水，使含水量達到40%以上，然后堆成丘狀，中間插1根木棍，外面用泥封存，泥封厚度為5-6厘米。封泥稍干后，抽出木棍，使空氣流通，溫度升高。一般夏秋季節經過7-10天，堆肥中的溫度可達70℃，保持7天以上。腐熟好的積肥外觀呈黑褐色，質地松軟，無臭味，雜草、秸稈已腐爛。
只對人糞尿進行處理時，可在地頭或大棚前挖1個深0.5-0.8米、寬1.5米左右的坑，坑內側鋪上塑料薄膜，把人畜糞尿等倒入坑內，加適量的水使之成糨糊狀，蓋上薄膜密封起來，經過1個月的發酵也可達到要求。
有機肥生產線無公害暴曬法：運用太陽光中紫外線的殺傷作用，鏟除有機毒、寄生蟲、惡臭物質等，如秸稈肥還田前、堆肥堆制前、畜禽肥出圈后、沼渣肥施用前、前的曝曬處理等。該辦法簡便易行，省工省時，但營養丟失大，易污染環境;
有機肥生產線無公害高溫處理法：首要適用于堆肥，是運用有機物質分化釋放出的能量來提升溫度，以殺病蟲。
有機肥生產線高溫堆肥應掌握以下技能條件：
(1)堆制堆肥請求含水量是干資料的60%～75%，即用手緊握資料時能有水滴擠出，表示水分適度。
(2)在堆肥堆制前期，要堅持良好的通氣條件，必要時可設通氣塔、通氣溝等，后期要堅件，可拆除通氣塔、阻塞通氣溝等，可壓緊、封泥，以保留營養和推進腐殖質的堆集。
(3)堆肥內部溫度可操控在50～60℃。當溫度高于65℃時，可翻堆或加水降溫，以利于氮素的保留。
(4)請求堆肥資料的碳氮比為25∶1，以有利于微生物對有機物質的分化。
(5)操控適合的pH值。在堆制堆肥時，每50公斤秸稈參加1～1.5公斤的石灰等堿性物質pH值調理在7.5擺布。高溫堆肥的衛生標準是蛔蟲卵死亡率達95%～，有用操控蒼蠅孳生，堆活的蛆、蛹或新羽化的成蠅。
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