國外發達的國家主張有機農業，普遍反對施用化肥而要求施用有機肥。理由是施用化肥會造成污染，使地力下降，加重水土流失和增加能量消耗。但施化肥對于永久性的果樹來說是必需的，因果樹吸收的礦質營養元素都必須是無機形態時方能為果樹利用。植物吸收這些營養元素后通過光合作用形成各種有機物，供動物和人類利用。所剩余的有機質也必須通過腐生生物分解為無機形態后，方可被果樹吸收利用。
當有機質分解形成的礦質元素和來自巖石土壤、空氣、雨水的礦質元素不能滿足果樹不斷提高單位面積產量和質量需要時，合理增施化肥是完全符合自然規律的仿生栽培措施。這種措施基礎一旦失去就會使果樹生長失調，最終導致果樹減產降質。土壤板結，土壤沖刷加劇的現象，并非完全因施用化肥引起，而主要是由于使用化肥后減少或不施有機肥以及灌溉不當所造成。在有機質充分歸還土壤的前提下，即使長期施用化肥也不會因破壞土壤結構，而加劇水土流失。
關于化肥施用后造成土壤環境污染的問題，其一是某些元素施用過量，如硝態氮過量施用就會產生NO2-，這可以從減少過量施用或者通過改善土壤結構加以調節解決。其二是在化肥生產中盡量減少有毒物雜質，如化肥中的鎘等有毒物質，需要在制造中消除。在化肥的施用中，特別是氮肥，能量消耗多，這可通過利用菌肥來減少化肥用量，從而得以解決。
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