有機肥的優點是含營養元素種類多，包括大量、微量各種營養元素，并含有大量的有機物、維生素等活性物質。
常年施用有機肥能使土讓有機質得到更新或提高，改善土壤理化性狀，明顯提高土壤質量。但其確定是養分含量低，而且養分形態主要呈有機態，需要經過土壤微生物逐步分解，才能轉化成植物可以吸收利用的形態，因此養分供應強度低，難以滿足高產作物快速生長期的需要。
在使用上，要考慮到有機肥種類多、特點不一的特性，不僅相互搭配換藥與適量化肥搭配施用。以畜禽養殖業鎖產生的廢棄物來說，這類有機肥的數量很大，隨著畜禽產品生產的快速發展而增長極快，如果不花大力氣對畜禽糞便進行科學處理和使用，不僅會造成蔬菜、果樹以及煙葉、茶葉、馬鈴薯等眾多經濟作為市區大批量價廉物美的肥料資源，換回降低這類農產品產量和品質，進而會造成農區環境惡化，不利于新農村建設。所以，首當其沖地要在經濟類作物生產中，充分開發和合理使用糞尿類有機飛遠。由于分鳥類有姐夫的主要特點是養分含量高于其他有機肥，但是其碳氮比分為比較窄，一般在6～10之間，為此，要添加部分粉碎的秸稈組成混合有機肥使用。這樣既可實現農村環境的清潔化又可保證果蔬類農產品的質量和安全性。施用糞尿類有機肥可以部分地替代化學肥料對作物的氮磷養分供給，從而減少化肥的施用量，提高化肥利用率。
除了經濟作物外，換藥糾正一種傾向，那就是糧食作物大田生產只靠化肥而不施有機肥，長此下去不僅糧食生產難以持續穩定增長，還會使農業面源污染日趨加重。在向廣大農田推薦有機肥施用時，首先要注意有機肥的種類、來源和成分，大田有機肥更要著重以秸稈還田為主，適當配合化學氮肥，調節其碳氮比例，促進有機物分解和土壤微生物群落的活躍與優化。如果大田要大量施用分鳥類有機肥，不僅肥源難以保證，而且分鳥類有機肥對大田土壤有機質的提高和培肥的作用不大，主要作用是促進有機質的循環與更新，因此，糞尿類有機肥應主要用在經濟作物生產中，尤其是新菜地、新果園等。
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